抗体序列数据库：必备资源

抗体数据库是用于存储和管理抗体相关基因、蛋白质序列、结构、功能和多样性信息的生物信息学资源，涵盖抗体序列（如VH/VL）、三维结构、抗体-抗原相互作用、多样性数据（如V(D)J重排）和功能注释（如类别、亚型和翻译后修饰）。这些数据库提供数据检索、序列比对、结构预测和免疫谱分析等功能，并支持抗体工程、药物开发、免疫学研究和疫苗设计。用户可以通过Web界面或API接口访问数据，并下载数据进行离线分析，从而促进抗体研究的合作与创新。以下是一些常见的抗体数据库：

IMGT

IMGT（免疫球蛋白和T细胞受体数据库）是一个综合性的数据库和工具包（涵盖从鱼类到人类的有颌脊椎动物），专为免疫球蛋白（Ig）和T细胞受体（TCR）数据库而设计，提供关于免疫受体序列、基因重排、V(D)J基因选择、氨基酸序列等方面的详细信息。IMGT是一个综合性的数据库和工具集（涵盖从鱼类到人类的有颌脊椎动物的抗体信息），致力于Ig和TCR的研究，包含详细的免疫受体序列、基因重排、V(D)J基因选择、氨基酸序列等信息。IMGT数据库和工具系统由以下组件构成。

IMGT/LIGM 数据库：涵盖 Ig 和 TCR 基因、序列和结构数据，并提供 IgSF 的 V 样和 G 结构域以及分析。

IMGT/3Dstructure-DB：该数据库包含免疫球蛋白（IG）、抗体和T细胞受体（TCR）的三维结构，主要组织相容性复合体（MHC-I和MHC-II）的蛋白质结构，以及pMHC-I和pMHC-II的复合物结构。它还包含IG/抗原（Ag）复合物和TR/pMHC复合物，以及该复合物中免疫球蛋白和MHC超家族成员的结构信息。这些结构数据来源于蛋白质数据库（PDB），并使用IMGT/DomainGapAlign等工具进行注释和比对。

IMGT/DomainGapAlign：一种基于IMGT的标准命名法，能够准确描述免疫相关分子结构域（例如V结构域、C结构域等）。通过比对，可以将这些分子与已知的基因和等位基因进行匹配，从而确保数据的标准化和一致性。

IMGT/V-QUEST：用于核苷酸序列分析，以帮助揭示遗传多样性。IMGT整合了来自多种来源的数据，例如文献数据、X射线衍射研究和结构数据，从而为免疫学研究提供强有力的支持，确保其数据库中数据的准确性和一致性。该数据库和工具系统由多个组件构成，其中包括IMGT/LIGM数据库，该数据库涵盖免疫球蛋白和T细胞受体基因、序列和结构数据，并提供IgSF的V样结构域和G结构域的分析。

IMGT/2D 结构数据库和 IMGT/3D 结构数据库：提供抗体和 T 细胞受体的二维和三维结构数据，并提供比较、分析和可视化基因、序列、三维结构和其他数据的工具。

IMGT/mAb-DB：提供治疗性单克隆抗体和其他免疫相关分子的查询。

IMGT/V-QUEST：用于核苷酸序列分析，以帮助揭示基因多样性。IMGT整合了来自多种来源的知识，例如文献数据、X射线衍射研究、结构数据等，以确保其数据库中数据的准确性和一致性，为免疫学研究提供强有力的支持。

IMGT/mAb-KG

IMGT/mAb-KG是一个包含丰富数据的数据库，专门用于记录和分类单克隆抗体（mAb）。它包含139,629个三元组，并记录了大量相关信息。IMGT/mAb-KG涵盖1,867个概念或类别，有助于更好地理解mAb的功能、来源、应用及其他方面，其中包括114个属性或关系，用于连接21,842个实体，并有助于在不同的研究和临床应用中建立关联。IMGT/mAb-KG包含约35,000个研究成果，涵盖约500个靶点。这些研究涉及500多种疾病或临床适应症，展现了该数据库在临床应用中的广泛价值。数据库中记录了150多个与药物或分子偶联的mAb，这些偶联增强了mAb的功能或活性。它还包含一些放射性标记的单克隆抗体（MAB）以及与蛋白质或肽融合的单克隆抗体，例如，有超过175种融合抗体。大多数工程化单克隆抗体使用κ轻链，这在小鼠中很常见。大约95%的小鼠抗体是κ型抗体。

近年来，由于小鼠不再是唯一来源，λ轻链的应用日益广泛。在IMGT/mAb-KG数据库中，超过475种单克隆抗体（mAb）由IgG1-κ链构成，这是最常见的IgG类型。IMGT/mAb-KG数据库中收录了大量用于肿瘤治疗，特别是实体瘤治疗的mAb，其中超过480种已应用于该领域。此外，超过190种mAb已被开发用于治疗类风湿性关节炎。目前，IMGT/mAb-KG数据库中的大多数mAb临床研究处于II期或I期，约有600种mAb已在不同的临床研究中进行测试并获准上市。除了单克隆抗体外，该数据库还包含超过120种双特异性mAb，它们可以同时结合两种抗原或同一抗原的两个表位。

NanoLAS

NanoLAS数据库收录了多种物种的纳米抗体数据，其中骆驼（Lama glama）是最重要的来源物种。在分析纳米抗体时，NanoLAS主要比较了互补决定区（CDR1、CDR2、CDR3）的长度。研究发现，CDR1和CDR2的长度变化不明显，而CDR3的长度变化较大。CDR3的长度范围为5至28个氨基酸，其中14、16、17和21个氨基酸的CDR3序列在数据库中较为常见且具有代表性。NanoLAS提供了灵活的搜索和筛选工具。用户可以通过多种方式检索纳米抗体数据，例如按PDB ID、氨基酸序列、CDR区域进行搜索，以及按年份、来源物种、配体受体和活性残基进行筛选。用户可以在界面上查看搜索结果，查看纳米抗体的三维结构（通过3Dmol.js），并下载PDB文件进行更详细的分析。下载结果还包括抗体的详细信息，例如序列号（pid）、总结构重量、总原子数、残基、发布日期等。NanoLAS 还可以比较不同纳米抗体的功能，并以 3D 视图显示它们的异同，从而帮助我们分析和理解各种纳米抗体的结构。为了不断丰富数据库内容，NanoLAS 提供了一个数据提交页面，用户可以上传自己的纳米抗体数据。提交的数据将经过审核流程，以确保数据的准确性和可靠性。

IEDB

免疫表位数据库（IEDB）存储了各种免疫表位的信息，这些表位主要分为线性表位和非线性表位。线性表位是指可被T细胞或B细胞识别的连续氨基酸序列，而非线性表位通常是由蛋白质三维结构形成的空间相邻的氨基酸残基。除了表位本身，IEDB还记录了这些表位激活的免疫应答类型，包括T细胞或B细胞的免疫应答，并提供不同物种（例如人类、小鼠和鸟类）中表位的免疫应答数据。此外，IEDB还提供表位的来源信息，包括病原体（病毒、细菌、寄生虫等）、疫苗或其他抗原类型。每个表位都包含详细的序列信息，例如UniProt ID、残基位置以及表位的线性或非线性分类。通过与蛋白质数据库（PDB）和结构数据库（如AlphaFold）的合作，IEDB帮助研究人员将免疫表位映射到相应的3D抗原结构，从而更好地了解这些表位的空间分布和功能。

ABSD

ABSD（抗体序列数据库）是一个公共数据库，旨在提供独特的抗体序列，特别是人类抗体的重链序列。它自动从多个来源提取和整合数据，并每月更新，以确保其内容的时效性和准确性。ABSD 的目标是确保数据库中每个抗体序列的唯一性，并解决数据冗余和缺失的问题。数据库中的抗体序列包含来自不同研究和数据库的信息，例如 PDB、Kabat、OAS、IMGT 等。尽管许多序列可能存在于多个数据库中，但 ABSD 通过维护来源记录来确保每个序列的唯一性和清晰的来源信息。此外，ABSD 支持通过自动解析器轻松扩展，添加来自其他物种的抗体序列或更新新的数据源。在评估 ABSD 数据集的代表性时，作者将其 VH 基因片段的聚类与其他已发表的人类抗体库的聚类进行了比较。分析结果表明，ABSD 数据集中抗体序列在不同子集和数据库中的分布与预期一致。这些结果表明，ABSD 数据库能够有效地代表人类免疫系统中的抗体多样性。

SAbDab

Thera-SAbDab（结构抗体数据库）主要依赖于世界卫生组织发布的拟议国际非专利名称（INN）列表，该列表涵盖了大多数抗体序列。INN列表每年发布两次（1/2月和6/7月），涵盖所有已获INN批准的抗体和纳米抗体相关疗法的可变结构域序列。通过IMGT mAb-DB等数据库，Thera-SAbDab能够查找各种疗法的序列数据。例如，在2006年之前提出的129种抗体疗法中，有47种的序列信息可以找到。此外，Thera-SAbDab使用ANARCI编号系统将输入序列与预先编号的种系序列进行比对，以帮助用户了解突变对结合位点的影响。Thera-SAbDab能够提供抗体疗法的结构信息，包括各种单克隆抗体和双特异性抗体的结构数据，特别是可变结构域的结构数据。 Thera-SAbDab 提供抗体疗法的结构信息，包括各种单克隆抗体和双特异性抗体的结构，尤其关注可变域的详细结构，例如抗 TNF-α 和 IL17A 抗体。

Thera-SAbDab 将结构数据与 SAbDab 数据库进行比对，该数据库中所有治疗性抗体序列均已与 B 细胞种系基因进行结构比对。该数据库还包含与治疗相关的静态和动态元数据。静态元数据包括抗体的基本信息，例如轻链类型和靶点；动态元数据则涉及临床试验信息、研发状态和调查数据。这些数据来源于 AdisInsight 和 ClinicalTrials.gov 等频繁更新的数据库。截至 2019 年，Thera-SAbDab 追踪了 558 个国际非专利名称 (INN)，涵盖 543 种独特的疗法，其中 87.1% 的疗法具有可变结构域的序列数据。在 25 种双特异性抗体疗法中，44.0% 的疗法至少有一个可变结构域，且具有精确或紧密的结构覆盖。Thera-SAbDab 不仅支持按元数据查询，而且其独特之处在于，它还支持按可变结构域序列进行搜索。这使得研究人员能够识别与查询序列中任何可变结构域区域相关的所有治疗药物。

PDB-2-PBv3.0

PDB-2-PBv3.0 是一个基于蛋白质数据库 (PDB) 的增强型数据库，旨在实现高效的蛋白质结构分析。该数据库不仅整合了更精确、更详细的蛋白质三维结构信息，还着重系统地整理了抗体相关数据。PDB-2-PBv3.0 包含多种抗体结构数据，包括单克隆抗体、多克隆抗体和抗体-抗原复合物，为研究人员深入分析抗体识别和结合特定抗原的分子机制提供了一个重要的平台。该数据库完整呈现了抗体重链和轻链的结构信息，并支持对抗体-抗原结合机制、亲和力和特异性的深入研究。通过 PDB-2-PBv3.0，研究人员可以精确分析抗体与抗原之间的相互作用，并获得结合界面和结合位点等关键信息。数据库中丰富的抗体-抗原复合物数据为分析不同抗体的结合模式和生物学功能提供了强有力的支持。 PDB-2-PBv3.0采用系统化的分类体系，根据抗体的类别（例如IgG、IgM等）、来源和结构类型对其进行科学分类。同时，该数据库详细注释了抗体的结构域信息，包括可变区（Fab区）和恒定区（Fc区），为抗体工程研究提供了全面的结构基础。这些结构信息对于抗体工程和优化具有重要价值。基于此，研究人员可以通过修饰可变区（VH/VL）和恒定区（CH1、CH2、CH3等）的序列或结构，设计和改造抗体，从而有效提高抗体的亲和力、稳定性和治疗效果。

AbDb

AbDb（抗体数据库）是结构免疫学家的一项宝贵资源，致力于收集和提供已处理的抗体结构数据，包括预先编号的Fv片段结构以及相关的同源抗原（如有）。该资源可用于抗体建模、抗原结合环构象分析和表位构象研究等应用。AbDb的主要特点包括：(1) 提供已处理的PDB文件，其中包含可变结构域（VH和VL），并按单个抗体及其同源抗原（包括多链抗原和非蛋白抗原）进行分类。(2) 数据采用Kabat、Chothia和Martin编号方案进行编号。(3) 提供36个分类数据集，包含完整抗体、仅轻链抗体或仅重链抗体，并根据抗体与不同类型抗原（例如，蛋白和非蛋白抗原）形成的复合物进行分组。(4) 提供数据集的非冗余版本，并包含描述冗余簇的信息。 （5）提供按PDB代码搜索时的冗余信息，并列出所有包含冗余抗体的已处理PDB文件。（6）提供抗体复合物和非复合物的详细信息文件，并定义哪些抗体被视为抗原。

ATCC

美国典型培养物保藏中心（ATCC）是世界知名的生物资源库，提供大量的抗体产品及相关遗传信息。ATCC提供强大的在线平台，方便研究人员查找和订购所需的抗体。ATCC网站包含详尽的抗体产品目录，支持用户根据靶标、应用领域、物种来源等多个维度进行精准筛选和检索，从而快速找到合适的抗体资源。ATCC提供的抗体类型包括但不限于：单克隆抗体（mAb）、多克隆抗体、重组抗体、抗体偶联物、特异性抗体（例如，针对特定病原体或细胞表面标志物的抗体）。此外，ATCC还提供技术支持，帮助用户解决抗体应用方面的技术难题。除了标准化的抗体产品外，ATCC还提供定制抗体服务，以满足不同的研究需求。用户可根据自身的研究目标和需求，定制单克隆抗体或多克隆抗体，以解决特定研究中遇到的问题。

VBASE2

VBASE2 是一个提供人类和小鼠免疫球蛋白 (Ig) 可变区 (V) 基因种系序列的数据库，主要用于免疫学研究。VBASE2 整合了来自多个来源的数据，例如 EMBL、IMGT、Kabat 和 VBASE 数据库，涵盖了 V 基因的种系序列。该数据库不仅提供基因组序列，还提供指向 Ensembl 基因组浏览器中 V 基因的链接，支持通过 DAS 服务器进行数据展示。数据库提供重排参考文献的链接，并标明与 VBASE2 匹配的重排 V 基因。VBASE2 数据通过 BLAST 搜索从 EMBL、Ensembl 和其他高通量数据源自动生成。数据定期更新，以确保与最新的基因组序列和重排信息同步。DNAPLOT 软件用于比较、测序和对比基因序列，并自动识别和去除合成序列。V 基因分为三类：(1) 已知的基因组和重排序列。 (2) 缺乏功能证据的序列（包括假基因和孤儿基因）。(3) 已观察到多个 V(D)J 重排的序列。每个 V 基因条目都包含指向 EMBL 和 Ensembl 的参考链接，并可能包含 BAC 序列信息以及相关注释。VBASE2 允许您查询物种、V 基因位点、V 基因家族和其他选项，并支持从多个数据库检索信息。DNAPLOT 查询用于将完整的 V 基因序列与 VBASE2 数据集进行比较，返回最佳匹配的 V 基因比对信息，并提供 V 基因家族的自动分配。

BCRdb

BCRdb是一个专门用于存储和分析B细胞受体（BCR）相关基因、蛋白质和多样性数据的数据库。它汇集了BCR相关基因和变异信息，包括人和小鼠免疫球蛋白重链（IGH）、轻链（IGK、IGL）基因种系序列，以及BCR重排相关的变异数据。BCRdb提供关于BCR基因重排、突变及其生物学效应的详细信息。重排是BCR多样性的主要来源。该数据库展示了重排和突变的模式，并探讨了这些突变对免疫系统功能的潜在影响。此外，BCRdb支持免疫谱分析。研究人员可以查询不同B细胞群的免疫谱，包括BCR克隆的多样性和亲和力，这有助于理解抗体亲和力成熟的过程和B细胞反应的动态变化。BCRdb与其他相关数据库（如IMGT、VBASE2等）交叉引用，并整合了免疫学研究中常用的注释信息。同时，BCRdb还能分析BCR序列的多样性、突变类型、基因重排事件以及BCR-抗原结合信息。该平台支持通过简洁的Web界面进行查询，用户可以通过文本搜索、序列比对或API进行程序化访问。此外，BCRdb允许用户将数据导出到其他分析工具进行进一步的计算和分析。BCRdb数据库的内容定期更新，以确保数据的准确性和时效性。用户可以下载包括免疫球蛋白基因序列、重排模式和基因突变信息在内的数据，以便进行离线分析。同时，BCRdb提供API接口，使开发人员能够将数据集成到自定义分析流程中。

HDB

杂交瘤数据库（HDB）是一个专注于杂交瘤技术和单克隆抗体相关数据的专业数据库。它系统地收录了多种杂交瘤细胞系的详细信息，包括细胞来源、培养条件、融合方法、免疫原类型（如蛋白质、肽或全细胞抗原）以及关键实验参数（如免疫程序）。此外，该数据库还记录了细胞系的生长特性、抗体分泌效率和稳定性等实用信息。HDB提供单克隆抗体的详细数据，涵盖重链和轻链的氨基酸序列、抗体类型（如IgG、IgM等）和亚型分类。该数据库特别关注抗体的功能特性，包括其特异性（如靶向细菌、病毒或肿瘤标志物）、结合亲和力（Kd值）以及在ELISA、免疫组化、流式细胞术等实验中的表现。同时，HDB还收录了抗体在病毒中和、病理过程阻断和定量分析等方面的功能验证数据。 HDB 提供高效的检索功能，支持通过靶标、细胞系来源、抗体类型和应用领域进行多维查询。