BLAST序列比对
blastp: 提供蛋白序列与蛋白质数据库(NCBI)中的序列进行比对。
tblastn: 提供蛋白序列与翻译的核苷酸数据库(NCBI)中的序列进行比对。
blastn: 提供核苷酸序列与核苷酸数据库(NCBI)中的序列进行比对。
blastx: 提供核苷酸序列与蛋白质数据库(NCBI)中的蛋白序列进行序列。
SMARTBLAST: 提供核苷酸序列与蛋白质数据库(NCBI)中的蛋白序列进行序列。

Sequence Analysis序列分析
ScanProsite: 识别蛋白质家族，结构域，功能位点和修饰。
Compute pI/Mw: 计算蛋白质序列与理论等电点和分子量(ExPASy)。
Three-/ one-letter code: 将三个核酸字母代码转换为一个胺基酸字母代码，亦可反转。
EMBOSS Transeq: 依据各种翻译的可能性，将DNA或RNA翻译成相应的肽序列(EMBL-EBI)。
EMBOSS Backtranseq: 读取蛋白质序列并转换成最有可能的核酸序列(EMBL-EBI)。

Alignment两条或多条序列比对
COBALT: 用于2个以上的多个蛋白序列比对(NCBI)。
Clustal Omega: 用于3个以上的蛋白质、核酸多序列比对(EMBL-EBI)。
MUSCLE: 用于蛋白质、DNA的多序列比对(EMBL-EBI)。

Expression Pattern表达图谱
The Human Protein Atlas: 显示人类基因及蛋白的表达图谱及主要存在的器官，组织和细胞系。
Expression Atlas: 跨物种和生物条件的基因表达。
LifeMap Discovery: 与胚胎和分化的细胞和组织有关的信息/工具。

Primer Design引物设计
Primer3: 从DNA序列中依据片段大小，Tm和GC%值选择适当引物。
Primer-BLAST: 检查引物对的特异性。
Primer analysis: 在碱性或特殊盐条件下分析引物序列的Tm值，长度，GC%和MW。

3D Structure Modeling蛋白三维结构
SWISS-MODEL: 显示人类基因及蛋白的表达图谱及主要存在的器官，组织和细胞系。