AF系列等同于Thermofisher的Alexa Fluor系列荧光染料。AF系列大部分是磺酸化的罗丹明类染料。它们荧光强，水溶性好，并且荧光在各种条件下都稳定，不易光漂白，可以胜任蛋白标记等各种要求较高的生物标记实验。
AF350
AF350 是磺酸化的香豆素染料7-AMCC，是一种优异的蓝色荧光染料。Alexa Fluor 350 染料用于荧光成像和流式细胞分析中，具有良好的水溶性和 pH 值不敏感性。AF350的激发和发射图谱与DAPI比较接近，可以直接用DAPI的滤片组来成像，由于DAPI染料的使用广泛性，绝大部分荧光显微镜都可以使用AF350。另外，AF350的Stoke位移达到近100nm，比大部分染料都大，具有抗干扰优势。
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 荧光寿命(τ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
AF350 | 346 nm | 445 nm | 19,000 | 0.73 | ns |
AF405
AF405参数表
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 荧光寿命(τ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
AF405 | 400 nm | 424 nm | 35,000 | ns |
AF430
AF430参数表
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 荧光寿命(τ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
AF430 | 430 nm | 545 nm | 15,000 | 0.23 | ns |
AF488
AF488，等同于Alexa Fluor 488。从化学结构上看，AF488是磺化后的罗丹明绿(Rhodamine Green)。通过引入两个磺酸根离子，AF488的水溶性大大增强，荧光强度增加，pH稳定性，光稳定性也提高，但是它的激发和发射谱图基本保持不变。不像荧光素类染料，AF488的荧光在较宽的pH范围内(4 – 10)保持不变。由于带多个负电荷，AF488不易分子间聚集，多个染料分子标记同一蛋白时，不易荧光自淬灭(self quenching)，或引起蛋白聚集。从各方面评价，AF488仍然是目前最好，最灵敏的水溶性小分子绿色荧光标记染料之一。
AF488参数表
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 荧光寿命(τ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
AF488 | 496 nm | 519 nm | 71,000 | 0.92 | 4.1 ns |
AF532
AF532参数表
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 荧光寿命(τ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
AF532 | 532nm | 553nm | 81000 | 0.61 |
AF546
AF546参数表
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 荧光寿命(τ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
AF546 | 561nm | 572nm | 112000 | 0.79 |
AF555
AF555，等同于Alexa Fluor 555。AF555是Sulfo-Cy3的类似物，荧光属性和它近似，但是AF555的母核多了两个磺酸根离子。相对于二磺酸的sulfo-Cy3, 四磺酸根的AF555标记的蛋白更稳定。同时由于其极度水溶性和多电荷，极大降低了染料在蛋白表面聚集引发荧光淬灭的可能性，标记后的AF555往往发出更强的荧光，亮度比sulfo-Cy3强20%左右。
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 荧光寿命(τ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
AF555 | 555 nm | 572 nm | 155,000 | 0.10 | ns |
AF568
AF568，等同于Alexa Fluor 568。AF568也具有罗丹明类化合物的母核，通过引入两个磺酸根离子来优化染料的水溶性和光学性质。AF568在被激发时发明亮的橘红色荧光，荧光非常灵敏，稳定，可用于检测低丰度靶标。AF568是优异的水溶性小分子荧光标记染料。
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 荧光寿命(τ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
AF568 | 578 nm | 603 nm | 91,000 | 0.69 | 3.6 ns |
AF594
AF594，等同于Alexa Fluor 594。AF594是在AF568结构基础上甲基化修饰的罗丹明类化合物。两个磺酸根离子也起到优化染料性质的作用。AF594在被激发时发明亮的红色荧光，荧光非常灵敏，稳定，可用于检测低丰度靶标。AF594是优异的水溶性小分子荧光标记染料，适用于标记各种目标分子，广泛应用于各种生物实验。
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 荧光寿命(τ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
AF594 | 590 nm | 617 nm | 92,000 | 0.66 | 3.9 ns |
AF647
AF647参数表
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 荧光寿命(τ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
AF647 | 648 nm | 671 nm | 270,000 | 0.33 | ns |
