ChIRP-Seq服务

背景

介绍

非编码RNA（ncRNA），尤其是长链非编码RNA（lncRNA），目前被认为是真核生物基因表达的主要调控因子。这些分子通过形成动态RNA-蛋白质复合物、引导染色质修饰因子或充当转录机制的支架，调控从分化到应激反应等细胞过程。它们的失调与从癌症到神经退行性疾病等多种疾病相关。

ChIRP-seq（通过RNA纯化测序进行染色质分离）彻底改变了我们在体内绘制这些相互作用图谱的能力。该技术采用与靶向lncRNA互补的生物素化探针，能够从交联的染色质中精确捕获RNA/蛋白质/DNA复合物。随后，通过链霉亲和素下拉，结合RNase消化和深度测序，生成高分辨率的RNA-染色质相互作用图谱。除了识别结合位点外，ChIRP-seq还能揭示基因组的空间结构和lncRNA介导的表观遗传状态，这对于解析疾病机制或识别治疗靶点至关重要。

图1. ChIRP-Seq 步骤的总体方案。

ChIRP-Seq 的应用

疾病研究

• 肿瘤学应用：ChIRP-Seq 揭示驱动癌症生长和转移的 lncRNA，确定治疗靶点。
• 神经退行性疾病：该技术揭示了 lncRNA 在神经元退化和存活中的作用，有助于治疗研究。
• 遗传疾病：ChIRP-Seq 有助于了解 ncRNA 对基因突变和疾病机制的影响。

发育生物学

• 胚胎发育：ChIRP-Seq 追踪指导胚胎中细胞分化和器官形成的 ncRNA。
• 干细胞分化：它识别调节干细胞命运决定和谱系承诺的 lncRNA。
• 组织特化：该技术发现在发育过程中参与定义特殊组织身份的 ncRNA。

环境响应

• 应激反应：ChIRP-Seq 可识别帮助生物体适应热或毒素等环境压力的 ncRNA。
• 分子适应：揭示有助于物种长期适应生态变化的 lncRNA。

药物研发

• 治疗目标：ChIRP-Seq 精确定位适合针对各种疾病的药物开发的 ncRNA。
• 药物机制：该技术阐明针对RNA或染色质的药物在分子水平上如何发挥作用。

服务流程

增强型 ChIRP-Seq 服务

优势