CLIP-Seq服务

背景

介绍

迈博睿生物提供可靠的 CLIP-Seq（交联免疫沉淀测序）服务，帮助研究人员深入研究 RNA-蛋白质相互作用以及基因转录后的调控机制。该服务采用最新技术，绘制出 RNA 结合蛋白 (RBP) 在整个基因组中的连接位置，让您一窥基因表达调控网络。我们全程为您服务：从样本准备、紫外交联到免疫沉淀、高通量测序以及数据解析。如此一来，您便能获得可靠的结果和对研究至关重要的见解。

什么是 CLIP-Seq？

CLIP-Seq（或称HITS-CLIP）是一种用于研究RNA-蛋白质相互作用以及RNA与蛋白质结合位置的常用方法。该方法首先用紫外线照射RNA-蛋白质复合物，使其固定不动。然后，研究人员使用针对目标蛋白质的抗体分离这些复合物。之后，他们对交联的RNA片段进行测序，以确定蛋白质的确切结合位置。Profacgen的irCLIP-Seq技术通过使用红外荧光染料代替传统的放射性物质，增强了这一方法，从而提高了安全性并拓宽了应用领域。此外，我们使用耐热的II类内含子逆转录酶进行cDNA合成，提高了实验效率并简化了技术流程。

图1。紫外线在RNA-蛋白质直接接触点处形成共价键，从而保持它们的相互作用

CLIP-Seq的应用

CLIP-Seq 广泛应用于分子生物学和遗传学，探索转录后的基因调控：

RNA-蛋白质相互作用：它有助于找到 RNA 结合蛋白抓住 RNA 的位置，展示它们如何控制基因活动。

IncRNA/circRNA 的作用：您可以检查非编码 RNA 和环状 RNA 与蛋白质相互作用的时间，揭示它们在基因调控和治疗可能性中的作用。

miRNA 靶标：CLIP-Seq 追踪 Argonaute 蛋白附着的位置，帮助我们了解 miRNA 如何控制基因活动。

绘制 RNA-蛋白质网络图谱：它提供了 RNA 和蛋白质在所有 RNA 转录本中结合位置的广阔视图，这是了解细胞如何对信号作出反应的关键。

疾病洞察：通过精确定位与疾病相关的 RNA-蛋白质相互作用，CLIP-Seq 有助于制定新的治疗方法并确定可能的药物靶点。

服务流程

图2. Profacgen 的 CLIP-Seq 工作流程。(Huppertz等人， Methods，2014)

样本提交和数据读取

建议使用紫外交联细胞样本，因为其稳定性好（最好是10 7 个细胞）。培养基中的活细胞也可以接受。

测序分析将采用单端50循环，20-40M。

一套全面的数据分析包括读段质量控制、序列比对、DNA元素分析、转录组中读段分配、围绕TSS/TTS/起始密码子/终止密码子的读段分配、PEAK注释、GO（基因本体）注释和分类、KEGG通路分析等。

优势