蛋白质与肽之间的相互作用在生物体中发挥着至关重要的功能作用，它们存在于涉及细胞定位、免疫反应或蛋白质表达和降解的多种信号通路中。错误的蛋白质-肽相互作用与多种疾病（例如癌症、自身免疫性疾病）相关。了解蛋白质-肽相互作用对于靶向药物设计至关重要，其结构表征是当前实验和理论研究的热点。
迈博睿生物利用先进的对接软件工具来模拟蛋白质-肽相互作用并预测复合物结构。通用建模程序分为两个阶段：(1) 进行全局搜索以预测蛋白质受体表面的结合位点；(2) 使用灵活的局部对接方法将肽结构与已知的结合位点进行拟合。这两个步骤考虑了两种成分结合后发生的显著构象变化。对接方案中明确模拟了肽折叠过程。当获得结合位点残基的实验数据或预测数据时，此类信息可用于将对接限制在蛋白质表面的局部区域。最后，对得分最高的结构进行聚类和排序，并从中选取最大的聚类代表结构进行高分辨率结构细化，然后提交给客户。
蛋白质-肽对接过程
迈博睿生物采用计算对接技术，在蛋白质受体与其肽结合伴侣之间平移和旋转空间中搜索所有可能的结合模式。给定蛋白质受体结构和肽序列，我们基于肽的随机构象和位置，预测蛋白质-肽复合物的结构。这是理解大分子相互作用背后的物理化学力的重要手段，也是在原子层面模拟蛋白质-肽复合物结构的宝贵工具。此外，对这些相互作用的精准理解将有助于合理设计潜在的治疗性肽。
特征
蛋白质-肽相互作用的构象变化模拟溶剂化对接协议允许明确包含界面水分子
通过聚类寻找低能构象的高密度簇
支持蛋白质和肽中的修饰氨基酸
肽-蛋白质复合物的高分辨率结构细化
无需事先了解结合位点或肽构象
肽构象具有完全的灵活性
热点残基的识别和结合亲和力的预测
通过上游和下游建模协议进行灵活扩展
我们提供定制化服务，以满足客户的特定研究目标。如需了解更多关于蛋白质-肽对接服务的详细信息，请随时联系我们。
