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蛋白质-核酸对接

蛋白质-核酸对接

简要描述:

蛋白质与核酸之间的相互作用在各种重要的生物过程中发挥着至关重要的作用,包括DNA复制、RNA转录、RNA剪接、核酸降解和蛋白质合成。蛋白质-核酸相互作用的缺陷与

产品参数:

详细介绍

蛋白质与核酸之间的相互作用在各种重要的生物过程中发挥着至关重要的作用,包括DNA复制、RNA转录、RNA剪接、核酸降解和蛋白质合成。蛋白质-核酸相互作用的缺陷与多种疾病有关,从神经系统疾病到癌症。随着蛋白质-核酸复合物新结构的解析以及相互作用结构细节的分析,我们对这些过程的理解将会加深。然而,通过高分辨率方法对大多数蛋白质-核酸复合物结构进行实验测定是一个繁琐而困难的过程。

计算技术补充了实验方法,有助于阐明蛋白质-核酸相互作用。通过构建原子细节复杂结构的理论模型,进行蛋白质与核酸的计算机对接,可以提供足够的信息来构建工作假设,并指导进一步的实验分析,以识别重要的氨基酸或核苷酸残基。

迈博睿生物利用先进的对接软件工具,寻找与能量有利的复合物形成相关的蛋白质和核酸的相对构象和转化方式。其通用流程如下:首先,进行刚体全局搜索,生成几何上合理的蛋白质-核酸复合物结构。在此过程中,用户可自定义约束条件,以限制搜索空间。使用专为蛋白质-RNA 或蛋白质-DNA 复合物开发的统计势函数,对生成的模型进行评分和排序。然后,对评分最高的结构进行聚类,并从中选取最大的聚类代表,通过能量最小化进行结构优化,最终交付给客户。

蛋白质-DNA/RNA对接过程

共免疫沉淀原理

迈博睿生物采用计算对接技术,在蛋白质与核酸(DNA、RNA 或 DNA/RNA 杂交)之间平移和旋转空间中搜索所有可能的结合模式,因为这些结合模式在复合物形成时可能发生非常大的构象变化。这是理解大分子相互作用背后的物理化学力的重要手段,也是在原子水平上模拟蛋白质-核酸复合物结构的宝贵工具。此外,精准理解这些与疾病相关靶点的相互作用,对于合理设计生物疗法至关重要。

特征:

 用于评估蛋白质-核酸相互作用的统计势
 溶剂化对接协议允许明确包含界面水分子
 根据阻断残基、结合位点残基、成对距离限制过滤输出预测
 通过聚类寻找低能构象的高密度簇
 支持修饰的氨基酸 DNA/RNA 分子
 支持混合 DNA–RNA 分子(例如 dsRNA/DNA 双链体)对接
 蛋白质和核酸成分的局部灵活精炼

我们提供定制化服务,以满足客户的特定研究目标。如需了解更多关于蛋白质-核酸对接服务的详细信息,请随时联系我们。


 


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