背景
介绍
在迈博睿生物，我们的 eCLIP-Seq（增强型交联免疫沉淀测序）服务涵盖所有关键环节——从样本制备、紫外交联和免疫沉淀，到 RNA 富集纯化、文库构建、测序以及深入数据分析。我们经验丰富的团队将全程陪伴您，帮助您设计实验并理解数据，从而获得可靠且可操作的结果。无论您是研究 RNA 处理、寻找 miRNA 靶点，还是探究 RNA 结合蛋白的工作原理，我们的服务都能为您的研究提供所需的助力。
图1。EMSA示意图。
什么是 eCLIP-seq？
eCLIP-Seq 在经典 CLIP 方法的基础上更进一步，为精确定位结合蛋白的 RNA 靶标提供了更高的分辨率和效率。它将紫外交联与免疫沉淀和高通量测序相结合，绘制了整个 RNA 转录组中的结合位点，涵盖内含子、外显子和非编码 RNA。该方法与其他 clip-seq 技术相比，其显著优势在于能够清晰地显示蛋白质与 RNA 的相互作用位置，增强它们之间的连接，并更容易识别 3'-UTR 和 5'-UTR 等不同区域上的结合位点。
图2. eCLIP-seq 原理图。(Zhu.; et al . Mol Plant. 2020)
eCLIP-Seq 的优势
高分辨率映射
eCLIP-Seq 可以高精度地定位 RNA 结合蛋白粘附于转录组（包括内含子、外显子和非编码 RNA）的准确位置。
提高效率
这种方法提高了连接效率，同时减少了 PCR 重复读取，从而真正提高了吞吐量和准确性。
安全性和便利性
通过避开放射性标记，eCLIP-Seq 提供了一种比传统 CLIP 方法更安全、更用户友好的替代方案。
检测瞬时相互作用
由于紫外交联，它甚至可以捕捉到短暂的 RNA-蛋白质相互作用，让您清楚地了解动态调节过程。
全面的数据分析
迈博睿生物提供深入的分析，包括质量控制、序列比对、峰值调用、GO 和 KEGG 通路分析以及主题识别，因此您最终获得可靠、可用的结果。
多功能应用
无论您使用的是常见细胞系还是模型生物，eCLIP-Seq 都能顺利适应各种生物样本。
eCLIP-seq 的应用
- RNA 靶标识别：精确定位哪些 RNA（mRNA、lncRNA 或 circRNA）与 RBP 直接相连。
- 转录后调控：探索 RNA-蛋白质相互作用如何控制转录后的基因表达。
- RBPs 的功能分析：阐明 RBPs 在发育、应激反应和疾病等各种过程中的作用。
- miRNA 靶标识别：绘制 Argonaute 蛋白结合图，以揭示潜在的 miRNA 靶标。
服务流程
可交付成果：
- 原始测序数据文件。
- 优化的序列文件。
- 详细的峰值相关数据和分析报告。
- 结合位点和功能注释的可视化。
服务详情：
| 紫外线交联 | 免疫沉淀 | RNA富集和纯化 | 文库生成和测序 | 数据分析 | |
| 服务内容 | 紫外线照射会在 RNA 和蛋白质之间形成共价键。 | 使用特定抗体进行细胞裂解、RNA 碎裂和免疫沉淀。 | 捕获的 RNA 片段的纯化。 | 逆转录、接头连接、qPCR、文库测试和高通量测序（Illumina HiSeq 或 Novaseq）。 | 测序、质量控制、序列比对、峰值调用、GO 和 KEGG 通路分析以及基序识别。 |
| 笔记 | 对于稳定 RNA-蛋白质复合物至关重要。 | 抗体的选择至关重要。 | 确保测序所需的 RNA 质量。 | 优化参数以获得高质量数据。 | 提供详细的报告和可视化效果。 |
优势
- 全流程服务：我们提供完整的 eCLIP 执行服务，并针对您的数据集提供专门的数据分析服务。如果您希望我们处理您的数据，请联系我们。
- 综合报告：我们的详细报告附带原始序列、精炼优化文件和丰富的峰值数据，让您深入了解结果。
- 标准化文库测序：使用我们的 eCLIP-Seq 方法，在 Illumina HiSeq 或 Novaseq 上的标准 SE50 或 SE75 条件下对文库进行测序，确保数据的一致性和可靠性。
- 经过验证的抗体选择：从我们经过验证的抗体中进行选择，包括 FLAG 和 MYC，以获得准确的标记和可靠的结果。
- 样本兼容性广泛：我们的 eCLIP-seq 服务可与常见细胞系、模型生物以及各种其他生物样本无缝协作。请联系我们了解更多信息。
- 快速周转和质量保证：迈博睿生物服务以其短的项目周期和高质量标准而自豪，帮助您充满信心地快速前进。
