混合方法是综合考虑结构和配体相似性的VS方法。它们利用所有可用的化学和生物信息，增强每种VS方法的优势并减少其不足，从而提高计算机辅助药物设计的成功率。混合方法基于基于进化的配体结合信息来预测小分子结合物，并同时利用整体结构相似性和口袋相似性。
图 1. 基于配体和结构的组合方法的工作流程。(A) 分层虚拟筛选 (HLVS)。(B) 并行虚拟筛选 (PVS)。(方法. 20151)
迈博睿生物提供多种策略来整合基于配体和结构的虚拟筛选方法，这些方法可分为分层方法、并行方法和混合方法。在混合虚拟筛选中，结构和配体信息被整合到一个独立的方法中。该方法已在许多案例中得到开发和成功应用。蛋白质-配体药效团用于表示配体和蛋白质信息的组合，因为它们是基于蛋白质-配体复合物的实验结构或同源性模型开发的。排除体积用于将筛选的化合物限制在结合口袋的大小范围内。
在我们的分层虚拟筛选服务中，我们会依次应用多个基于配体和结构的方法进行筛选，将庞大的筛选库缩减到足够小的规模，以便进行实验测试。在HLVS的初始阶段，我们会使用计算成本较低的基于配体的方法，例如相似性搜索。当待筛选化合物数量减少到合理数量时，我们会使用对计算资源要求相对较高的方法，例如分子对接。最后一步，我们会结合专业知识进行化合物的可视化筛选，其中基于VS方法的排序会更准确，这得益于我们基于文献的知识和专业的化学直觉。
我们的优势
- 基于配体和结构的虚拟筛选方法相结合
- 分层、并行和混合虚拟筛选
- 蛋白质-配体药效团建模
- 整合熟练的视觉选择
