基于结构的虚拟筛选 (SBVS) 是指将候选分子通过计算方法对接至基于生物物理方法(例如 X 射线晶体学、核磁共振波谱和低温电子显微镜)、同源性建模或分子动力学模拟得出的生物靶标的三维结构中。然后,根据预测的结合亲和力或与结合位点的互补性以及其他标准,对这些对接的化合物进行排序。通常,只有少数排名靠前的化合物会被选为进一步实验分析的候选化合物。Profacgen SBVS服务涵盖所有流程,从初始阶段(包括受体和化合物库预处理)到对接、评分以及对得分最高的化合物进行后处理。
迈博睿生物的专业知识运用 SBVS 中的分子动力学来探索化合物的可能构型,重新评分分子,研究水分子的重要性、相互作用途径(例如结合动力学、解离事件),并研究靶标灵活性、探索结合位点和/或发现隐蔽位点,以及合理化变构事件。我们还使用不同类型的后处理步骤,例如一致性对接和评分、使用更严格的结合自由能计算或机器学习评分函数进行重新评分。SBVS 已成为协助快速且经济高效地发现药物和先导化合物的重要工具。
图 1. 基于结构的虚拟筛选中的对接和评分。(Curr Top Med Chem . 2014)
我们公司通过快速准确的分子对接和评分程序提供高效的SBVS服务。数据库中的化合物或片段被对接到一个结合位点(或在整个表面、多个结合位点,或考虑距离限制,例如共价对接),并根据评分函数(例如基于力场、经验或基于知识)进行排序。Profacgen还提供其他SBVS服务,包括基于片段的从头配体设计和基于受体的药效团筛选。
我们的优势
- 最先进的 SBVS 技术和软件工具
- 计算机模拟和实验团队
- 总共60个刀片和720个核心的超高性能计算机集群
- 分子对接、分子动力学模拟、自由能计算
- 亲和力预测、基于片段的方法、蛋白质灵活性的处理