荧光共振能量转移（FRET）是一项较早发展的技术，随着绿色荧光蛋白（GFP）应用技术的发展，FRET已成为检测纳米级距离的有力工具，生物大分子纳米级距离的变化在体内免疫分析中有着广泛的应用。
FRET是两个距离很近的荧光分子之间发生能量转移的现象。当供体分子的发射光谱与受体分子的吸收光谱重叠，且两分子距离在10nm以内时，就会发生非放射性的能量转移，即FRET。这使得供体的荧光强度比其单独存在时低得多（荧光猝灭），而受体发出的荧光则大大增强（敏化荧光）。
应用：
- 细胞间相互作用
- 膜蛋白研究
- 细胞膜受体蛋白之间的相互作用
- 细胞凋亡研究
- 核酸检测
理想的FRET相互作用体系需要一对合适的荧光物质，即供体的发射光谱与受体的吸收光谱重叠。当供体的激发波长对受体没有影响时，供体和受体的发射光谱应该完全分离，否则容易引起光谱干扰，使反应体系不稳定。目前，绿色荧光蛋白（GFP）和染料是最常用的供体受体对。绿色荧光蛋白包括CFP-YFP、BFP-GFP、BFP-YFP，染料包括cy3-cy5、FITC、罗丹明等。这些荧光物质应该能够标记在研究对象上。
优点：
- 在活细胞正常生理条件下，观察细胞内大分子的构象变化及其相互作用，弥补了打破细胞来检测相互作用的不足；
- 灵敏度高，可用于研究单细胞、单受体分子；
- 可与多种仪器和技术联用，如显微镜、色谱法、电泳法、细胞丢失技术等；
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