荧光素
荧光素(fluorescein)是最早使用，最经济实惠，也是使用最广泛的荧光染料之一。它的两种形式FAM (fluorescein amidite)和FITC (fluorescein isothiocyanate)常常见诸于文献报道中。荧光素有很多优点：它量子产率很好，高达到0.94，因此初亮度非常明亮；它的水溶性很好，和蛋白偶联不会产生沉淀问题；它的激发峰是494nm，和常用的激光束488nm(argon-ion laser)很匹配。它的弱点是光稳定性欠佳，长时间照射荧光易淬灭，另外它的荧光对pH敏感，在偏酸性条件下荧光变弱。
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
荧光素 | 494nm | 515nm | 62000 | 0.89 |
俄勒冈绿
俄勒冈绿(Oregon green, OG488)是氟化修饰后的荧光素。结构优化后，俄勒冈绿保持和荧光素相同的光谱图，但是光稳定性和pH稳定性得到提高。它的pKa是~4.7，比荧光素(~6.7)低，因此在生理pH条件或者极弱酸性条件下俄勒冈绿仍能保持最大荧光。同荧光素一样，由于它的荧光在酸性条件下随pH变化，俄勒冈绿和荧光素也都可以作为pH指示剂探针。
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
俄勒冈绿 | 494nm | 515nm | 62000 | 0.89 |
俄勒冈绿514
俄勒冈绿514(Oregon green 514, OG514)是俄勒冈绿的衍生物。苯环氟代后，俄勒冈绿514的发射光谱相对于俄勒冈绿红移了，但是荧光仍然在绿色光谱范畴。同俄勒冈绿一样，该染料在生理pH条件或者极弱酸性条件下仍能保持最大荧光。该染料的水溶性和荧光素，俄勒冈绿类似，水溶性都较好，低浓度下可水溶，荧光也很亮。
激发峰(Ex) | 发射峰(Em) | 消光系数(εmax) | 量子产率(Φ) | 分配系数(log P) | 水溶性(PBS) | |
俄勒冈绿514 | 510nm | 530nm |
