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DNA/RNA下拉

DNA/RNA pull down

简要描述:

背景介绍了解DNA/RNA如何与蛋白质相互作用对于破解基因调控密码和理解各种生物活动至关重要。从根本上说,这些相互作用是控制基因表达的关键。转录因子会结合特定的

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详细介绍

背景

介绍

了解DNA/RNA如何与蛋白质相互作用对于破解基因调控密码和理解各种生物活动至关重要。从根本上说,这些相互作用是控制基因表达的关键。转录因子会结合特定的DNA片段来调整基因活性,而RNA结合蛋白则参与RNA的稳定性和剪接等功能。然而,像ChIP-seq和RIP这样的老方法可能比较麻烦——它们需要特异性抗体,而这些抗体并不总是容易找到,尤其是对于稀有蛋白质或非标准物种,而且它们涉及复杂的步骤,可能无法提供一流的数据。这时,DNA/RNA pull-down技术应运而生——它摒弃了抗体,转而使用生物素标记的探针和链霉亲和素珠来捕获DNA/RNA-蛋白质组合。这使得它成为一种高通量、高度灵活的方法,非常适合探索和验证不同物种和不同设置之间的相互作用。

什么是 DNA/RNA 下拉?

DNA/RNA 下拉法是一种非常有效的方法,可以捕获与特定 DNA 或 RNA 序列结合的蛋白质。具体步骤如下:首先,用生物素制备 DNA 或 RNA 探针,这些探针会与您感兴趣的序列配对。这些探针会附着在涂有链霉亲和素的磁珠上,而链霉亲和素非常亲和生物素。然后,您将这种 DNA/RNA-磁珠混合物与细胞裂解液混合,使特异性粘附于 DNA/RNA 的蛋白质与磁珠结合。彻底清洗所有物质,去除任何不属于该物质的蛋白质后,从磁珠上洗脱 DNA/RNA-蛋白质对。之后,您可以使用蛋白质印迹法等技术进一步分解这些对,以识别已知蛋白质,或使用质谱法来识别任何未知蛋白质。

DNA/RNA下拉服务的定义和机制。

图1. DNA/RNA下拉概览

DNA/RNA下拉的应用

DNA/RNA 下拉拉伸技术广泛应用于分子生物学和生物技术领域。尤其适用于:

  • 筛选或验证结合蛋白:精确定位并确认与特定 DNA 或 RNA 序列连接的蛋白质。
  • 寻找转录因子:发现附着于特定基因启动子的新转录因子,阐明基因如何被调控。
  • 蛋白质-蛋白质相互作用网络:检查 RNA 结合蛋白如何与细胞其他部分相互作用,以更好地了解转录后调控途径。
  • 药物筛选:通过寻找与某些核酸序列相连的蛋白质来寻找可能的药物靶点,为新的治疗方法铺平道路。

服务流程

DNA/RNA 下拉服务流程。

迈博睿生物提供全面的 DNA/RNA Pull-down 服务,帮助您精准定位和确认 DNA/RNA 结合蛋白。我们的服务涵盖从探针设计、蛋白质捕获到质谱分析以及全面的生物信息学支持等各个方面。


探针设计与合成蛋白质捕获蛋白质鉴定生物信息学分析
描述制作与目标序列匹配的生物素标记DNA/RNA探针。这些探针是捕获与目标核酸连接的蛋白质的关键。将 DNA/RNA 磁珠组合与细胞裂解物混合,以捕获相互作用的蛋白质。这使得特异性结合目标序列的蛋白质能够粘附在磁珠上。使用质谱法找到您捕获的蛋白质,并通过蛋白质印迹法确认相互作用。质谱法可以为您提供与靶标结合的蛋白质的详细信息,而蛋白质印迹法则有助于确认特定蛋白质的存在。对已鉴定的蛋白质进行详细分析,包括功能注释和通路分析。此步骤有助于理解已鉴定相互作用的生物学意义。
关键点
  • 定制探针设计以匹配您的目标序列。
  • 高亲和力生物素化探针可有效捕获。
  • 质量控制以确保探头的完整性和功能性。
  • 优化孵化条件以实现最大限度的蛋白质捕获。
  • 使用高质量的细胞裂解物来确保目标蛋白质的丰富来源。
  • 控制实验来验证特定的相互作用。
  • 高分辨率质谱法可实现准确的蛋白质鉴定。
  • 对已知蛋白质进行蛋白质印迹验证。
  • 全面的蛋白质鉴定报告。
  • 已鉴定蛋白质的功能注释。
  • 通路分析以了解生物学作用。
  • 可根据您的研究目标定制的分析报告。

优势

  • 专业知识和经验:迈博睿生物团队在核酸-蛋白质相互作用研究方面拥有丰富的经验,确保获得高质量的结果。
  • 全面支持:我们提供全面的实验设计指导,包括上游和下游验证方法。
  • 内部蛋白质组学平台:我们先进的蛋白质组学平台可确保准确的质谱鉴定和深入的生物信息学分析。
  • 持续支持:我们的技术支持持续到项目完成,确保下游实验和出版支持顺利进行。


 


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