背景
介绍
了解DNA和蛋白质如何相互作用是阐明基因调控、转录控制和许多生物过程的关键。这些相互作用至关重要，因为转录因子会附着在特定的DNA位点上，从而调节基因的表达方式。精确定位这些蛋白质的结合位点对于深入研究细胞功能和疾病的分子机制至关重要。ChIP-seq和EMSA等传统技术存在局限性，尤其是在分辨率和通量方面。DNase I足迹分析是一种绝佳的替代方案，它能够提供关于蛋白质-DNA相互作用的高分辨率细节，使其成为分子生物学和遗传学研究人员的必备工具。迈博睿生物的DNase I足迹分析服务旨在帮助研究人员克服这些障碍，提供一种全面且灵敏的方法来发现和研究DNA-蛋白质相互作用。
什么是 DNase I 足迹分析？
这种方法需要使用 DNase I 切割放射性或荧光标记的 DNA 片段。然后进行凝胶电泳以显示切割模式。比较不含任何结合蛋白的 DNA（称为游离 DNA）与存在 DNA 结合蛋白时的模式。如果结合蛋白附着在 DNA 上，它会保护该位点不被酶切割，从而在凝胶上留下清晰的“足迹”。通过调整蛋白质浓度，可以根据形成足迹所需的最小量来衡量其结合强度。
传统上，DNase I 足迹法需要对 DNA 进行放射性标记，然后通过测序凝胶电泳进行检测。然而，由于安全问题以及放射性标记的不便，Profacgen 选择了荧光标记法。将荧光标记法与测序仪（例如 Applied Biosystem 的测序仪）结合使用，可以使我们的 DNase I 足迹法检测更安全、更快速、更灵敏。
图1. DNase I足迹分析示意图。
DNase I足迹分析的应用
DNase I 足迹分析在分子生物学和遗传学中应用广泛。它尤其适用于：
- 寻找转录因子结合位点：精确定位转录因子与 DNA 序列的结合位置。
- 绘制调控元件图谱：找出基因启动子和增强子中的调控位点，以了解基因如何被控制。
- 验证药物靶点：通过识别与特定 DNA 序列结合的蛋白质来检查潜在的药物靶点。
- 功能注释：通过发现避免 DNase I 切割的区域，提供 DNA 序列的详细注释。
服务流程
由于DNase I足迹分析用于确定目标蛋白结合的精确DNA序列，建议在通过电泳迁移率变动分析（EMSA）确认相互作用后进行。因此，除了纯化的蛋白质和DNA片段外，EMSA数据和相关实验参数都有助于DNase I足迹分析的设计。
可交付成果：
- 高分辨率 DNA-蛋白质相互作用数据。
- 详细的分析报告，包括结合位点识别和亲和力估计。
- 裂解模式和结合位点的可视化。
我们提供什么？
样品制备和 DNA 标记
我们首先精心准备您的样本，以确保获得一流的 DNA 片段和蛋白质。如有需要，我们可以处理 DNA 片段和蛋白质制备。然后，我们会在 DNA 的一端标记放射性或荧光标签，以便清晰地观察蛋白质的结合位置。
蛋白质-DNA结合和DNase I消化
标记后，我们将DNA与蛋白质在特殊缓冲液中混合，使其在受控条件下结合。然后，我们使用DNase I对DNA进行部分切割。这一步骤揭示了DNA的哪些部分受到蛋白质的保护，从而形成了“足迹”。
DNA纯化和凝胶电泳
消化后，我们会对DNA进行纯化，去除任何残留的蛋白质或污染物。纯化后的DNA进行凝胶电泳，按大小进行分离，受保护的区域会显示为清晰的条带。这张高分辨率图像精确显示了蛋白质的结合位置。
数据分析与结果解释
最后，我们使用成像技术分析标记的DNA片段。我们的团队会检查裂解模式，以找到指向特定结合位点的受保护区域（或“足迹”）。我们还通过调整蛋白质浓度并记录足迹强度来确定蛋白质的结合强度。您将获得包含可视化图表和DNA-蛋白质相互作用洞察的详细报告。
为什么选择 Profacgen？
- 高灵敏度和一致性：我们的 DNase I 足迹分析提供高度灵敏和一致的结果，确保您准确找到结合位点。
- 熟练的技术人员：我们熟练的技术人员确保您获得高质量且可靠的数据。
- 定制实验设计：我们提供定制的实验设计以满足您的特定研究需求。
- 市场最优价格：具有竞争力的价格，且不影响质量或服务。
